How to merge approx 150 bam file using Picard
Hi,
I have checked everywhere, but I did not find any solution. It would be really appreciable if you could tell me that how to merge approx 150 bam files using MergeSamFiles Picard.
-
You mean this ?
gatk MergeSamFiles -I 1.bam -I 2.bam -I 3.bam -I 4.bam -I 5.bam -I 6.bam -I 7.bam -I 8.bam -I 9.bam -I 10.bam -I 11.bam -I 12.bam -I 13.bam -I 14.bam -I 15.bam -I 16.bam -I 17.bam -I 18.bam -I 19.bam -I 20.bam -I 21.bam -I 22.bam -I 23.bam -I 24.bam -I 25.bam -I 26.bam -I 27.bam -I 28.bam -I 29.bam -I 30.bam -I 31.bam -I 32.bam -I 33.bam -I 34.bam -I 35.bam -I 36.bam -I 37.bam -I 38.bam -I 39.bam -I 40.bam -I 41.bam -I 42.bam -I 43.bam -I 44.bam -I 45.bam -I 46.bam -I 47.bam -I 48.bam -I 49.bam -I 50.bam -I 51.bam -I 52.bam -I 53.bam -I 54.bam -I 55.bam -I 56.bam -I 57.bam -I 58.bam -I 59.bam -I 60.bam -I 61.bam -I 62.bam -I 63.bam -I 64.bam -I 65.bam -I 66.bam -I 67.bam -I 68.bam -I 69.bam -I 70.bam -I 71.bam -I 72.bam -I 73.bam -I 74.bam -I 75.bam -I 76.bam -I 77.bam -I 78.bam -I 79.bam -I 80.bam -I 81.bam -I 82.bam -I 83.bam -I 84.bam -I 85.bam -I 86.bam -I 87.bam -I 88.bam -I 89.bam -I 90.bam -I 91.bam -I 92.bam -I 93.bam -I 94.bam -I 95.bam -I 96.bam -I 97.bam -I 98.bam -I 99.bam -I 100.bam -I 101.bam -I 102.bam -I 103.bam -I 104.bam -I 105.bam -I 106.bam -I 107.bam -I 108.bam -I 109.bam -I 110.bam -I 111.bam -I 112.bam -I 113.bam -I 114.bam -I 115.bam -I 116.bam -I 117.bam -I 118.bam -I 119.bam -I 120.bam -I 121.bam -I 122.bam -I 123.bam -I 124.bam -I 125.bam -I 126.bam -I 127.bam -I 128.bam -I 129.bam -I 130.bam -I 131.bam -I 132.bam -I 133.bam -I 134.bam -I 135.bam -I 136.bam -I 137.bam -I 138.bam -I 139.bam -I 140.bam -I 141.bam -I 142.bam -I 143.bam -I 144.bam -I 145.bam -I 146.bam -I 147.bam -I 148.bam -I 149.bam -I 150.bam -O merged.sam
-
Yes
-
I want to know, How to give all these 150 files as an input using all together?
java -jar picard.jar MergeSamFiles \
I=input_1.bam \
I=input_2.bam \
O=output_merged_files.bam -
I don't think MergeSamFiles takes a bam file list as an argument, so probably you have to program and run the command by some languages such as R, python, shell or WDL
Please sign in to leave a comment.
4 comments