Filter with gatk Selectvariants --select expressions error
I was filtering my file combine.g.vcf.gz with the following script:
#shell que usare para la interpretacion del script
#$-S /bin/bash
#Nombre que le dio a mi trabajo
#$ -N filter1
#directorio de trabajo
#$ -wd /home/TFM/data
#Nombre de archivos de salida
#$ -o filter1.salida
#Nombre de los archivos con errores
#$ -e filter1.err
#Cola a la que se envia
#$ -q media_multicore
#informacion que es un trabajo en paralelo n hiols 2 a 8
#$ -pe smp 6
#Numero de procesadores
#$ -l virtual_free=15G
# Ahora que he preparado el entorno de trabajo
# en el nodo en el que se va a ejecutar mi programa, lo lanzo
#
export OMP_NUM_THREADS=$NSLOTS
gatk SelectVariants --selectExpressions "QUAL >= 30 && QD >= 2.0 && FS <= 60.0 && MQ >= 40.0" -R DogAutoMTXY_refchr.fasta -V combineresult12.g.vcf.gz -O filter1Combineresult.g.vcf.gz
but it remains in the server's production queue due to some error. However, I don't know what is happening.
-
Hi,
Could you elaborate a little bit on the "server's product queue error"? In particular, if there's a stacktrace you can share output from the tool, that would be very helpful in trying to debug what's happening.
Thanks,
Ricky
Please sign in to leave a comment.
1 comment