I'm trying to run ASEReadCounter (GATK version: 4.2.5.0) on mRNASeq BAM files from TCGA datasets stored in Terra and a VCF file that I generated.

BAM files seem to be mapped to ucsc.hg19.fasta (hg19) whereas my VCF file is generated based on Homo_sapiens_assembly19.fasta (b37), so I firstly lifted over the vcf file to hg19 with GATK LiftoverVcf using b37tohg19.chain that I got from web searching.

Here is my code.

gatk \
  ASEReadCounter \
  -R ucsc.hg19.fasta \
  -I $bam \
  -V $sample_name"_LiftedOver.vcf.gz" \
  -O $sample_name"_ASE_noFilter.txt"

It gave me a bit of error messages after a run, but just worked fine for autosomes. However, it does not generate any value for chrX (my vcf file does not have any locus for chrY and chrM, so it is fine to have no value for those two chromosomes).

I confirmed BAM files can be opend with igv on ucsc.hg19.fasta and I do see some reads mapped to the positions on chrX that are listed in my vcf file. So I have no idea why ASEReadCounter does not return any values for chrX.

Any thoughts would be appreciated.

Here is the log.

Using GATK jar /home/unix/kenomoto/local/gatk-4.2.5.0/gatk-package-4.2.5.0-local.jar
Running:
    java -Dsamjdk.use_async_io_read_samtools=false -Dsamjdk.use_async_io_write_samtools=true -Dsamjdk.use_async_io_write_tribble=false -Dsamjdk.compression_level=2 -jar /home/unix/kenomoto/local/gatk-4.2.5.0/gatk-package-4.2.5.0-local.jar ASEReadCounter -R /xchip/beroukhimlab/kei/resource/ucsc.hg19.fasta -I ./data/bam/9f90820c-7a48-42b0-9ad0-1db04eb273a0/UNCID_1724291.A1DBD227-73B7-466F-B766-063A3006A206.sorted_genome_alignments.bam -V output/CESC.FU.A3WB/CESC.FU.A3WB_intersection_LO.vcf.gz -O output/CESC.FU.A3WB/CESC.FU.A3WB_ASE_noFilter2.txt
15:24:29.808 INFO  NativeLibraryLoader - Loading libgkl_compression.so from jar:file:/home/unix/kenomoto/local/gatk-4.2.5.0/gatk-package-4.2.5.0-local.jar!/com/intel/gkl/native/libgkl_compression.so
15:24:29.853 WARN  NativeLibraryLoader - Unable to load libgkl_compression.so from native/libgkl_compression.so (/tmp/libgkl_compression3365355617761469800.so: /tmp/libgkl_compression3365355617761469800.so: failed to map segment from shared object: Operation not permitted)
15:24:29.858 INFO  NativeLibraryLoader - Loading libgkl_compression.so from jar:file:/home/unix/kenomoto/local/gatk-4.2.5.0/gatk-package-4.2.5.0-local.jar!/com/intel/gkl/native/libgkl_compression.so
15:24:29.865 WARN  NativeLibraryLoader - Unable to load libgkl_compression.so from native/libgkl_compression.so (/tmp/libgkl_compression2119566032327970496.so: /tmp/libgkl_compression2119566032327970496.so: failed to map segment from shared object: Operation not permitted)
Feb 02, 2023 3:24:30 PM shaded.cloud_nio.com.google.auth.oauth2.ComputeEngineCredentials runningOnComputeEngine
INFO: Failed to detect whether we are running on Google Compute Engine.
15:24:30.443 INFO  ASEReadCounter - ------------------------------------------------------------
15:24:30.443 INFO  ASEReadCounter - The Genome Analysis Toolkit (GATK) v4.2.5.0
15:24:30.443 INFO  ASEReadCounter - For support and documentation go to https://software.broadinstitute.org/gatk/
15:24:30.445 INFO  ASEReadCounter - Executing as kenomoto@uger-c009.broadinstitute.org on Linux v3.10.0-1160.59.1.el7.x86_64 amd64
15:24:30.445 INFO  ASEReadCounter - Java runtime: OpenJDK 64-Bit Server VM v1.8.0_345-b01
15:24:30.446 INFO  ASEReadCounter - Start Date/Time: February 2, 2023 3:24:29 PM UTC
15:24:30.446 INFO  ASEReadCounter - ------------------------------------------------------------
15:24:30.446 INFO  ASEReadCounter - ------------------------------------------------------------
15:24:30.446 INFO  ASEReadCounter - HTSJDK Version: 2.24.1
15:24:30.446 INFO  ASEReadCounter - Picard Version: 2.25.4
15:24:30.447 INFO  ASEReadCounter - Built for Spark Version: 2.4.5
15:24:30.447 INFO  ASEReadCounter - HTSJDK Defaults.COMPRESSION_LEVEL : 2
15:24:30.447 INFO  ASEReadCounter - HTSJDK Defaults.USE_ASYNC_IO_READ_FOR_SAMTOOLS : false
15:24:30.447 INFO  ASEReadCounter - HTSJDK Defaults.USE_ASYNC_IO_WRITE_FOR_SAMTOOLS : true
15:24:30.447 INFO  ASEReadCounter - HTSJDK Defaults.USE_ASYNC_IO_WRITE_FOR_TRIBBLE : false
15:24:30.447 INFO  ASEReadCounter - Deflater: JdkDeflater
15:24:30.447 INFO  ASEReadCounter - Inflater: JdkInflater
15:24:30.447 INFO  ASEReadCounter - GCS max retries/reopens: 20
15:24:30.447 INFO  ASEReadCounter - Requester pays: disabled
15:24:30.447 INFO  ASEReadCounter - Initializing engine
15:24:30.516 WARN  IntelInflaterFactory - IntelInflater is not supported, using Java.util.zip.Inflater
15:24:30.520 WARN  IntelInflaterFactory - IntelInflater is not supported, using Java.util.zip.Inflater
15:24:30.932 WARN  IntelInflaterFactory - IntelInflater is not supported, using Java.util.zip.Inflater
15:24:30.966 INFO  FeatureManager - Using codec VCFCodec to read file file:///xchip/beroukhimlab/kei/project/Tangent/20230130_ASEReadCounter/output/CESC.FU.A3WB/CESC.FU.A3WB_intersection_LO.vcf.gz
15:24:30.972 WARN  IntelInflaterFactory - IntelInflater is not supported, using Java.util.zip.Inflater
15:24:30.972 WARN  IntelInflaterFactory - IntelInflater is not supported, using Java.util.zip.Inflater
15:24:31.050 WARN  IntelInflaterFactory - IntelInflater is not supported, using Java.util.zip.Inflater
15:24:31.070 INFO  ASEReadCounter - Done initializing engine
15:24:31.076 INFO  ProgressMeter - Starting traversal
15:24:31.077 INFO  ProgressMeter -        Current Locus  Elapsed Minutes        Loci Processed      Loci/Minute
15:24:41.081 INFO  ProgressMeter -         chr1:2212748              0.2                670000        4019196.2
15:24:51.292 INFO  ProgressMeter -         chr1:8922036              0.3               1409000        4182043.0
15:25:01.335 INFO  ProgressMeter -        chr1:10659402              0.5               1787000        3543525.7
15:25:11.355 INFO  ProgressMeter -        chr1:19415359              0.7               2928000        4361686.3
15:25:21.359 INFO  ProgressMeter -        chr1:21928908              0.8               3334000        3978362.0
15:25:31.363 INFO  ProgressMeter -        chr1:26164023              1.0               4109000        4089506.7
15:25:41.393 INFO  ProgressMeter -        chr1:27273660              1.2               4376000        3734053.9
15:25:51.420 INFO  ProgressMeter -        chr1:32695349              1.3               5205000        3887084.1
15:26:01.423 INFO  ProgressMeter -        chr1:36929959              1.5               6045000        4014566.2
15:26:11.475 INFO  ProgressMeter -        chr1:43395304              1.7               7006000        4186936.0
15:26:21.476 INFO  ProgressMeter -        chr1:46159849              1.8               7632000        4147901.2
15:26:31.706 INFO  ProgressMeter -        chr1:53498171              2.0               8519000        4237324.7
15:26:41.706 INFO  ProgressMeter -        chr1:62941594              2.2               9297000        4270261.6
15:26:51.740 INFO  ProgressMeter -        chr1:84971667              2.3              10434000        4450637.3
15:27:01.740 INFO  ProgressMeter -        chr1:95086203              2.5              11536000        4594094.1
15:27:11.803 INFO  ProgressMeter -       chr1:110126386              2.7              12410000        4632729.0
15:27:21.810 INFO  ProgressMeter -       chr1:117515470              2.8              13417000        4715109.1
15:27:31.819 INFO  ProgressMeter -       chr1:150390491              3.0              14793000        4910756.8
15:27:42.122 INFO  ProgressMeter -       chr1:152009376              3.2              15320000        4811457.0
15:27:52.166 INFO  ProgressMeter -       chr1:153585588              3.4              15462000        4613479.6
15:28:02.171 INFO  ProgressMeter -       chr1:155981155              3.5              16179000        4598636.6
15:28:12.621 INFO  ProgressMeter -       chr1:159889857              3.7              16648000        4508720.6
15:28:22.622 INFO  ProgressMeter -       chr1:167513746              3.9              17455000        4523114.4
15:28:32.622 INFO  ProgressMeter -       chr1:181587631              4.0              18626000        4626715.5
15:28:42.662 INFO  ProgressMeter -       chr1:201483203              4.2              19527000        4656973.4
15:28:52.674 INFO  ProgressMeter -       chr1:209970529              4.4              20640000        4733999.2
15:29:02.679 INFO  ProgressMeter -       chr1:223981081              4.5              21741000        4802836.5
15:29:12.689 INFO  ProgressMeter -       chr1:232094625              4.7              22801000        4858115.9
15:29:22.685 INFO  ProgressMeter -        chr10:3146619              4.9              24214000        4982167.8
15:29:32.686 INFO  ProgressMeter -       chr10:14910455              5.0              25086000        4990434.6
15:29:42.693 INFO  ProgressMeter -       chr10:28810934              5.2              26030000        5011953.9
15:29:52.702 INFO  ProgressMeter -       chr10:46262758              5.4              27045000        5045316.8
15:30:02.723 INFO  ProgressMeter -       chr10:71133234              5.5              28478000        5152120.0
15:30:12.723 INFO  ProgressMeter -       chr10:75577310              5.7              29224000        5132330.0
15:30:22.724 INFO  ProgressMeter -       chr10:81112359              5.9              29622000        5054273.2
15:30:32.726 INFO  ProgressMeter -       chr10:95435139              6.0              30759000        5103124.9
15:30:42.728 INFO  ProgressMeter -      chr10:102764220              6.2              31687000        5115605.8
15:30:52.744 INFO  ProgressMeter -      chr10:116193280              6.4              32774000        5152253.5
15:31:02.745 INFO  ProgressMeter -      chr10:126623658              6.5              33784000        5175403.7
15:31:12.854 INFO  ProgressMeter -         chr11:812120              6.7              34634000        5172122.8
15:31:22.870 INFO  ProgressMeter -       chr11:14539286              6.9              35832000        5220888.2
15:31:32.879 INFO  ProgressMeter -       chr11:34681921              7.0              36844000        5240942.4
15:31:42.894 INFO  ProgressMeter -       chr11:47447900              7.2              37614000        5226380.6
15:31:52.910 INFO  ProgressMeter -       chr11:61564031              7.4              38331000        5205269.9
15:32:02.927 INFO  ProgressMeter -       chr11:63967441              7.5              38814000        5154011.3
15:32:12.950 INFO  ProgressMeter -       chr11:66392838              7.7              39598000        5144011.4
15:32:22.961 INFO  ProgressMeter -       chr11:75282301              7.9              40858000        5195090.3
15:32:32.980 INFO  ProgressMeter -      chr11:111680497              8.0              42413000        5280700.2
15:32:42.984 INFO  ProgressMeter -      chr11:129963397              8.2              43843000        5347718.2
15:32:52.990 INFO  ProgressMeter -        chr12:6340261              8.4              44636000        5335904.8
15:33:04.867 INFO  ProgressMeter -        chr12:6648820              8.6              44760000        5227038.3
15:33:14.875 INFO  ProgressMeter -       chr12:10522125              8.7              45432000        5204153.5
15:33:24.880 INFO  ProgressMeter -       chr12:27126148              8.9              46491000        5225635.7
15:33:34.920 INFO  ProgressMeter -       chr12:48360776              9.1              47781000        5271484.6
15:33:45.509 INFO  ProgressMeter -       chr12:49666636              9.2              48057000        5200673.8
15:33:55.584 INFO  ProgressMeter -       chr12:52881810              9.4              48740000        5180449.5
15:34:07.761 INFO  ProgressMeter -       chr12:52909042              9.6              48748000        5071893.8
15:34:19.913 INFO  ProgressMeter -       chr12:52914042              9.8              48753000        4967733.0
15:34:29.913 INFO  ProgressMeter -       chr12:54060087             10.0              49011000        4910626.6
15:34:40.184 INFO  ProgressMeter -       chr12:56554693             10.2              49440000        4870080.3
15:34:50.218 INFO  ProgressMeter -       chr12:58113456             10.3              49903000        4836030.6
15:35:00.245 INFO  ProgressMeter -       chr12:76491880             10.5              51139000        4876821.5
15:35:10.251 INFO  ProgressMeter -       chr12:98928735             10.7              52097000        4890405.4
15:35:20.252 INFO  ProgressMeter -      chr12:109992229             10.8              53076000        4905556.9
15:35:30.369 INFO  ProgressMeter -      chr12:118684575             11.0              54021000        4916273.8
15:35:40.369 INFO  ProgressMeter -      chr12:123335623             11.2              54806000        4913191.9
15:35:50.378 INFO  ProgressMeter -      chr12:133440099             11.3              55670000        4917113.3
15:36:00.443 INFO  ProgressMeter -       chr13:31035269             11.5              56688000        4933924.8
15:36:10.985 INFO  ProgressMeter -       chr13:45913217             11.7              57740000        4949793.4
15:36:20.993 INFO  ProgressMeter -       chr13:52326116             11.8              58502000        4944416.0
15:36:30.993 INFO  ProgressMeter -       chr13:99051187             12.0              59647000        4971163.3
15:36:40.994 INFO  ProgressMeter -      chr13:114103460             12.2              60516000        4974483.4
15:36:50.999 INFO  ProgressMeter -       chr14:23397850             12.3              61222000        4964469.2
15:37:01.032 INFO  ProgressMeter -       chr14:35537902             12.5              62132000        4970858.3
15:37:11.035 INFO  ProgressMeter -       chr14:53192231             12.7              63300000        4997644.6
15:37:21.057 INFO  ProgressMeter -       chr14:64638590             12.8              64309000        5011221.1
15:37:31.168 INFO  ProgressMeter -       chr14:70369770             13.0              65076000        5005262.2
15:37:41.171 INFO  ProgressMeter -       chr14:78039827             13.2              66179000        5025661.5
15:37:51.310 INFO  ProgressMeter -       chr14:94580373             13.3              67121000        5032615.5
15:38:01.312 INFO  ProgressMeter -      chr14:103594914             13.5              67918000        5029503.8
15:38:12.666 INFO  ProgressMeter -      chr14:106106582             13.7              68529000        5004619.1
15:38:30.433 INFO  ProgressMeter -      chr14:106170703             14.0              68534000        4899041.6
15:38:44.225 INFO  ProgressMeter -      chr14:106208024             14.2              68538000        4820125.0
15:39:04.325 INFO  ProgressMeter -      chr14:106236037             14.6              68541000        4709383.8
15:39:32.627 INFO  ProgressMeter -      chr14:106304716             15.0              68543000        4561677.1
15:39:43.411 INFO  ProgressMeter -      chr14:106327455             15.2              68548000        4508085.9
15:39:53.487 INFO  ProgressMeter -       chr15:40330751             15.4              69771000        4538394.0
15:40:03.606 INFO  ProgressMeter -       chr15:44085995             15.5              70799000        4555294.9
15:40:13.623 INFO  ProgressMeter -       chr15:49602303             15.7              71297000        4538584.4
15:40:23.970 INFO  ProgressMeter -       chr15:60642822             15.9              72328000        4554215.4
15:40:34.004 INFO  ProgressMeter -       chr15:60685328             16.0              72358000        4508628.4
15:40:44.022 INFO  ProgressMeter -       chr15:66832763             16.2              73137000        4510244.7
15:40:54.447 INFO  ProgressMeter -       chr15:72499813             16.4              73711000        4497452.6
15:41:04.454 INFO  ProgressMeter -       chr15:76225623             16.6              74356000        4491104.6
15:41:14.721 INFO  ProgressMeter -       chr15:83215932             16.7              75093000        4489221.3
15:41:24.735 INFO  ProgressMeter -       chr15:92583181             16.9              76226000        4511936.0
15:41:34.872 INFO  ProgressMeter -        chr16:2304148             17.1              77695000        4553357.4
15:41:44.878 INFO  ProgressMeter -       chr16:10863469             17.2              78788000        4572717.6
15:41:54.994 INFO  ProgressMeter -       chr16:18804266             17.4              79592000        4574616.6
15:42:05.029 INFO  ProgressMeter -       chr16:28408653             17.6              80674000        4592657.0
15:42:15.034 INFO  ProgressMeter -       chr16:30966458             17.7              81430000        4592107.2
15:42:25.041 INFO  ProgressMeter -       chr16:56496647             17.9              82452000        4606415.7
15:42:35.057 INFO  ProgressMeter -       chr16:67645075             18.1              83334000        4612668.1
15:42:45.078 INFO  ProgressMeter -       chr16:71764566             18.2              84147000        4615004.9
15:42:55.081 INFO  ProgressMeter -       chr16:84157644             18.4              85120000        4626070.2
15:43:05.083 INFO  ProgressMeter -         chr17:973489             18.6              86359000        4651267.6
15:43:15.087 INFO  ProgressMeter -        chr17:2598214             18.7              86727000        4629514.0
15:43:25.087 INFO  ProgressMeter -        chr17:7210955             18.9              87691000        4639694.5
15:43:35.089 INFO  ProgressMeter -       chr17:11873521             19.1              88315000        4631857.0
15:43:45.097 INFO  ProgressMeter -       chr17:20207228             19.2              89426000        4649451.5
15:43:55.139 INFO  ProgressMeter -       chr17:30901757             19.4              90553000        4667431.8
15:44:05.538 INFO  ProgressMeter -       chr17:37359337             19.6              91360000        4667332.5
15:44:15.616 INFO  ProgressMeter -       chr17:39766732             19.7              91795000        4649657.0
15:44:25.640 INFO  ProgressMeter -       chr17:39928962             19.9              91843000        4613054.8
15:44:35.642 INFO  ProgressMeter -       chr17:43352564             20.1              92863000        4625553.6
15:44:45.680 INFO  ProgressMeter -       chr17:48459455             20.2              93960000        4641516.6
15:44:55.681 INFO  ProgressMeter -       chr17:57920516             20.4              94729000        4641291.9
15:45:05.707 INFO  ProgressMeter -       chr17:66527534             20.6              95885000        4659776.6
15:45:16.304 INFO  ProgressMeter -       chr17:73774699             20.8              96523000        4650862.9
15:45:26.304 INFO  ProgressMeter -       chr17:78410063             20.9              97416000        4656496.4
15:45:36.319 INFO  ProgressMeter -       chr17:80572826             21.1              98043000        4649371.4
15:45:46.331 INFO  ProgressMeter -        chr18:9570745             21.3              98785000        4647783.6
15:45:56.403 INFO  ProgressMeter -       chr18:28571592             21.4              99724000        4655192.5
15:46:06.412 INFO  ProgressMeter -       chr18:47015409             21.6             100745000        4666514.8
15:46:16.436 INFO  ProgressMeter -       chr18:66685927             21.8             101701000        4674622.1
15:46:26.443 INFO  ProgressMeter -        chr19:1420688             21.9             102604000        4680262.9
15:46:36.603 INFO  ProgressMeter -        chr19:3976911             22.1             103310000        4676332.3
15:46:46.605 INFO  ProgressMeter -        chr19:6734453             22.3             103908000        4668176.2
15:46:56.668 INFO  ProgressMeter -       chr19:10906067             22.4             104739000        4670319.6
15:47:06.687 INFO  ProgressMeter -       chr19:13200612             22.6             105470000        4668156.8
15:47:16.713 INFO  ProgressMeter -       chr19:16771071             22.8             106161000        4664244.4
15:47:26.713 INFO  ProgressMeter -       chr19:21013684             22.9             107014000        4667542.9
15:47:37.380 INFO  ProgressMeter -       chr19:36143909             23.1             107908000        4670321.0
15:47:47.399 INFO  ProgressMeter -       chr19:39200865             23.3             108644000        4668436.1
15:47:57.399 INFO  ProgressMeter -       chr19:41096602             23.4             109142000        4656486.9
15:48:07.399 INFO  ProgressMeter -       chr19:44471846             23.6             109768000        4650129.0
15:48:17.416 INFO  ProgressMeter -       chr19:47999822             23.8             110703000        4656803.2
15:48:27.796 INFO  ProgressMeter -       chr19:50001887             23.9             111268000        4646754.2
15:48:37.880 INFO  ProgressMeter -       chr19:54718334             24.1             112348000        4659155.4
15:48:47.945 INFO  ProgressMeter -         chr2:3626677             24.3             113680000        4681824.3
15:48:57.946 INFO  ProgressMeter -        chr2:20111839             24.4             114586000        4686962.5
15:49:07.956 INFO  ProgressMeter -        chr2:27605022             24.6             115406000        4688508.7
15:49:17.964 INFO  ProgressMeter -        chr2:37883234             24.8             116315000        4693634.9
15:49:27.983 INFO  ProgressMeter -        chr2:47612845             24.9             117169000        4696450.3
15:49:38.040 INFO  ProgressMeter -        chr2:62322526             25.1             118051000        4700224.7
15:49:48.064 INFO  ProgressMeter -        chr2:70516564             25.3             118970000        4705511.6
15:49:58.064 INFO  ProgressMeter -        chr2:85619281             25.4             119881000        4710492.0
15:50:08.439 INFO  ProgressMeter -        chr2:89384865             25.6             120336000        4696460.6
15:50:18.446 INFO  ProgressMeter -       chr2:105699950             25.8             121484000        4710602.3
15:50:28.574 INFO  ProgressMeter -       chr2:120125940             26.0             122727000        4727855.0
15:50:38.574 INFO  ProgressMeter -       chr2:141773464             26.1             123843000        4740411.0
15:50:48.688 INFO  ProgressMeter -       chr2:168940202             26.3             125027000        4755050.5
15:50:58.692 INFO  ProgressMeter -       chr2:187374438             26.5             126103000        4765752.4
15:51:08.692 INFO  ProgressMeter -       chr2:213864982             26.6             127524000        4789289.0
15:51:18.692 INFO  ProgressMeter -       chr2:230630616             26.8             128370000        4791072.5
15:51:28.694 INFO  ProgressMeter -       chr2:238454826             27.0             128952000        4783038.7
15:51:38.777 INFO  ProgressMeter -        chr20:3787193             27.1             130099000        4795690.1
15:51:48.842 INFO  ProgressMeter -       chr20:18738182             27.3             130986000        4798710.4
15:51:58.880 INFO  ProgressMeter -       chr20:32592918             27.5             131905000        4802943.6
15:52:08.883 INFO  ProgressMeter -       chr20:35655679             27.6             132541000        4796981.6
15:52:18.883 INFO  ProgressMeter -       chr20:43994042             27.8             133260000        4794082.8
15:52:28.885 INFO  ProgressMeter -       chr20:55111297             28.0             134266000        4801479.1
15:52:38.885 INFO  ProgressMeter -       chr20:62306590             28.1             135012000        4799550.7
15:52:48.917 INFO  ProgressMeter -       chr21:27546083             28.3             135639000        4793349.2
15:52:58.928 INFO  ProgressMeter -       chr21:40193608             28.5             136813000        4806499.4
15:53:08.930 INFO  ProgressMeter -       chr21:47616141             28.6             137890000        4816128.0
15:53:18.941 INFO  ProgressMeter -       chr22:23219865             28.8             139030000        4827810.5
15:53:28.956 INFO  ProgressMeter -       chr22:29688807             29.0             139850000        4828299.3
15:53:38.973 INFO  ProgressMeter -       chr22:36679877             29.1             140703000        4829912.6
15:53:48.974 INFO  ProgressMeter -       chr22:39180584             29.3             141314000        4823286.0
15:53:59.015 INFO  ProgressMeter -       chr22:42042963             29.5             141889000        4815406.4
15:54:09.059 INFO  ProgressMeter -       chr22:45958155             29.6             142639000        4813513.3
15:54:19.069 INFO  ProgressMeter -         chr3:5207777             29.8             143652000        4820558.5
15:54:29.077 INFO  ProgressMeter -        chr3:13660431             30.0             144432000        4819758.0
15:54:39.078 INFO  ProgressMeter -        chr3:31593029             30.1             145337000        4823127.9
15:54:49.081 INFO  ProgressMeter -        chr3:42592293             30.3             146288000        4827976.2
15:54:59.208 INFO  ProgressMeter -        chr3:48509969             30.5             147213000        4831592.9
15:55:09.212 INFO  ProgressMeter -        chr3:50151609             30.6             147707000        4821419.5
15:55:19.222 INFO  ProgressMeter -        chr3:58083396             30.8             148715000        4828030.3
15:55:29.227 INFO  ProgressMeter -        chr3:81553360             31.0             149622000        4831321.5
15:55:39.241 INFO  ProgressMeter -       chr3:112346965             31.1             150626000        4837669.5
15:55:49.244 INFO  ProgressMeter -       chr3:122448767             31.3             151570000        4842064.0
15:55:59.264 INFO  ProgressMeter -       chr3:128001386             31.5             152363000        4841567.5
15:56:09.292 INFO  ProgressMeter -       chr3:131182433             31.6             152895000        4832803.4
15:56:19.296 INFO  ProgressMeter -       chr3:141334141             31.8             153827000        4836771.9
15:56:29.308 INFO  ProgressMeter -       chr3:152090480             32.0             154561000        4834485.5
15:56:39.312 INFO  ProgressMeter -       chr3:169795380             32.1             155373000        4834670.0
15:56:49.373 INFO  ProgressMeter -       chr3:183897924             32.3             156372000        4840499.1
15:56:59.373 INFO  ProgressMeter -       chr3:194125153             32.5             157242000        4842446.9
15:57:09.373 INFO  ProgressMeter -          chr4:849845             32.6             158492000        4856017.7
15:57:19.424 INFO  ProgressMeter -        chr4:10076284             32.8             159873000        4873317.6
15:57:29.427 INFO  ProgressMeter -        chr4:39725045             33.0             161121000        4886526.7
15:57:39.428 INFO  ProgressMeter -        chr4:57861458             33.1             162193000        4894296.8
15:57:49.465 INFO  ProgressMeter -        chr4:83280392             33.3             163275000        4902201.2
15:57:59.525 INFO  ProgressMeter -       chr4:100869566             33.5             164341000        4909492.3
15:58:09.529 INFO  ProgressMeter -       chr4:110537058             33.6             164979000        4904124.5
15:58:19.567 INFO  ProgressMeter -       chr4:140603540             33.8             166360000        4920704.6
15:58:29.582 INFO  ProgressMeter -       chr4:166263783             34.0             167613000        4933409.5
15:58:39.596 INFO  ProgressMeter -          chr5:918027             34.1             168855000        4945670.5
15:58:49.596 INFO  ProgressMeter -        chr5:34949952             34.3             170029000        4955863.9
15:58:59.600 INFO  ProgressMeter -        chr5:53283439             34.5             171024000        4960759.4
15:59:09.600 INFO  ProgressMeter -        chr5:68874640             34.6             172006000        4965237.3
15:59:20.232 INFO  ProgressMeter -        chr5:77040203             34.8             172869000        4964753.7
15:59:30.234 INFO  ProgressMeter -        chr5:93025990             35.0             173713000        4965224.1
15:59:40.328 INFO  ProgressMeter -       chr5:115473327             35.2             174852000        4973860.4
15:59:50.334 INFO  ProgressMeter -       chr5:133293391             35.3             175805000        4977357.6
16:00:00.376 INFO  ProgressMeter -       chr5:137892344             35.5             176396000        4970537.3
16:00:10.402 INFO  ProgressMeter -       chr5:139948585             35.7             176714000        4956163.7
16:00:20.464 INFO  ProgressMeter -       chr5:149824216             35.8             177749000        4961851.9
16:00:30.468 INFO  ProgressMeter -       chr5:162882113             36.0             178554000        4961232.1
16:00:40.511 INFO  ProgressMeter -       chr5:176370658             36.2             179187000        4955771.9
16:00:50.804 INFO  ProgressMeter -       chr5:180669121             36.3             179953000        4953455.2
16:01:01.030 INFO  ProgressMeter -         chr6:7588083             36.5             180710000        4951065.2
16:01:11.032 INFO  ProgressMeter -        chr6:25525774             36.7             181791000        4958037.8
16:01:21.463 INFO  ProgressMeter -        chr6:29884666             36.8             182436000        4952148.6
16:01:32.415 INFO  ProgressMeter -        chr6:29961172             37.0             182459000        4928354.0
16:01:42.707 INFO  ProgressMeter -        chr6:31244990             37.2             182844000        4915976.2
16:01:53.911 INFO  ProgressMeter -        chr6:31322081             37.4             182848000        4891525.6
16:02:03.928 INFO  ProgressMeter -        chr6:32088155             37.5             183172000        4878405.2
16:02:13.972 INFO  ProgressMeter -        chr6:34297479             37.7             183641000        4869189.6
16:02:24.036 INFO  ProgressMeter -        chr6:38072124             37.9             184315000        4865419.9
16:02:34.049 INFO  ProgressMeter -        chr6:47594189             38.0             185347000        4871205.1
16:02:44.173 INFO  ProgressMeter -        chr6:74228115             38.2             186247000        4873245.6
16:02:54.174 INFO  ProgressMeter -        chr6:90044840             38.4             187134000        4875192.0
16:03:04.191 INFO  ProgressMeter -       chr6:114277809             38.6             188438000        4887904.4
16:03:14.308 INFO  ProgressMeter -       chr6:133142736             38.7             189345000        4890043.2
16:03:24.316 INFO  ProgressMeter -       chr6:144174505             38.9             190087000        4888149.0
16:03:34.427 INFO  ProgressMeter -       chr6:159239545             39.1             191223000        4896144.4
16:03:44.440 INFO  ProgressMeter -         chr7:2048343             39.2             192446000        4906493.4
16:03:56.219 INFO  ProgressMeter -         chr7:5568192             39.4             192857000        4892484.3
16:04:06.225 INFO  ProgressMeter -        chr7:22160029             39.6             193662000        4892208.8
16:04:16.254 INFO  ProgressMeter -        chr7:26237233             39.8             194000000        4880143.0
16:04:26.288 INFO  ProgressMeter -        chr7:38264217             39.9             195010000        4884997.6
16:04:36.288 INFO  ProgressMeter -        chr7:55274502             40.1             195986000        4889034.7
16:04:46.290 INFO  ProgressMeter -        chr7:73818771             40.3             197207000        4899120.7
16:04:56.323 INFO  ProgressMeter -        chr7:75975082             40.4             197574000        4887933.0
16:05:06.471 INFO  ProgressMeter -        chr7:96335730             40.6             198801000        4897796.8
16:05:16.487 INFO  ProgressMeter -       chr7:100887964             40.8             199665000        4898933.1
16:05:26.488 INFO  ProgressMeter -       chr7:121977569             40.9             200880000        4908669.1
16:05:36.668 INFO  ProgressMeter -       chr7:132720557             41.1             201605000        4906044.8
16:05:46.958 INFO  ProgressMeter -       chr7:137274830             41.3             201953000        4894088.2
16:05:56.963 INFO  ProgressMeter -       chr7:154739848             41.4             203431000        4910066.2
16:06:06.962 INFO  ProgressMeter -        chr8:21989384             41.6             204671000        4920202.7
16:06:16.965 INFO  ProgressMeter -        chr8:48694890             41.8             206046000        4933484.7
16:06:27.025 INFO  ProgressMeter -        chr8:70608114             41.9             207015000        4936866.7
16:06:37.028 INFO  ProgressMeter -        chr8:95433478             42.1             208047000        4941829.8
16:06:47.090 INFO  ProgressMeter -       chr8:101715614             42.3             208692000        4937484.5
16:06:57.092 INFO  ProgressMeter -       chr8:110560143             42.4             209270000        4931707.0
16:07:07.132 INFO  ProgressMeter -       chr8:125559025             42.6             209887000        4926818.9
16:07:17.132 INFO  ProgressMeter -       chr8:144110004             42.8             210759000        4928008.2
16:07:27.137 INFO  ProgressMeter -         chr9:5786913             42.9             211968000        4937027.9
16:07:38.356 INFO  ProgressMeter -        chr9:19288126             43.1             212474000        4927356.1
16:07:48.747 INFO  ProgressMeter -        chr9:19379653             43.3             212495000        4908131.1
16:07:58.746 INFO  ProgressMeter -        chr9:35085728             43.5             213421000        4910615.6
16:08:08.752 INFO  ProgressMeter -        chr9:74571870             43.6             215061000        4929437.4
16:08:18.763 INFO  ProgressMeter -        chr9:86383551             43.8             215527000        4921295.8
16:08:28.764 INFO  ProgressMeter -        chr9:99517479             44.0             216750000        4930458.0
16:08:38.782 INFO  ProgressMeter -       chr9:113006626             44.1             217745000        4934350.7
16:08:48.783 INFO  ProgressMeter -       chr9:123935559             44.3             218701000        4937363.3
16:08:58.791 INFO  ProgressMeter -       chr9:128250021             44.5             219257000        4931345.7
16:09:08.806 INFO  ProgressMeter -       chr9:131680695             44.6             219964000        4928743.7
16:09:19.276 INFO  ProgressMeter -       chr9:136217579             44.8             220679000        4925505.9
16:09:27.120 INFO  ASEReadCounter - Shutting down engine
[February 2, 2023 4:09:27 PM UTC] org.broadinstitute.hellbender.tools.walkers.rnaseq.ASEReadCounter done. Elapsed time: 44.96 minutes.
Runtime.totalMemory()=4633133056

***********************************************************************

A USER ERROR has occurred: Contig chrM_rCRS not present in the sequence dictionary [chrM, chr1, chr2, chr3, chr4, chr5, chr6, chr7, chr8, chr9, chr10, chr11, chr12, chr13, chr14, chr15, chr16, chr17, chr18, chr19, chr20, chr21, chr22, chrX, chrY, chr1_gl000191_random, chr1_gl000192_random, chr4_ctg9_hap1, chr4_gl000193_random, chr4_gl000194_random, chr6_apd_hap1, chr6_cox_hap2, chr6_dbb_hap3, chr6_mann_hap4, chr6_mcf_hap5, chr6_qbl_hap6, chr6_ssto_hap7, chr7_gl000195_random, chr8_gl000196_random, chr8_gl000197_random, chr9_gl000198_random, chr9_gl000199_random, chr9_gl000200_random, chr9_gl000201_random, chr11_gl000202_random, chr17_ctg5_hap1, chr17_gl000203_random, chr17_gl000204_random, chr17_gl000205_random, chr17_gl000206_random, chr18_gl000207_random, chr19_gl000208_random, chr19_gl000209_random, chr21_gl000210_random, chrUn_gl000211, chrUn_gl000212, chrUn_gl000213, chrUn_gl000214, chrUn_gl000215, chrUn_gl000216, chrUn_gl000217, chrUn_gl000218, chrUn_gl000219, chrUn_gl000220, chrUn_gl000221, chrUn_gl000222, chrUn_gl000223, chrUn_gl000224, chrUn_gl000225, chrUn_gl000226, chrUn_gl000227, chrUn_gl000228, chrUn_gl000229, chrUn_gl000230, chrUn_gl000231, chrUn_gl000232, chrUn_gl000233, chrUn_gl000234, chrUn_gl000235, chrUn_gl000236, chrUn_gl000237, chrUn_gl000238, chrUn_gl000239, chrUn_gl000240, chrUn_gl000241, chrUn_gl000242, chrUn_gl000243, chrUn_gl000244, chrUn_gl000245, chrUn_gl000246, chrUn_gl000247, chrUn_gl000248, chrUn_gl000249]

***********************************************************************
Set the system property GATK_STACKTRACE_ON_USER_EXCEPTION (--java-options '-DGATK_STACKTRACE_ON_USER_EXCEPTION=true') to print the stack trace.

Best,

Kei